Details of Variant
General Information
Omicron XBB => XBB.1.9.2 Spike |
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Pango Lineage | XBB.1.9.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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Source | Omicron XBB | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Description | Shares ORF9b:5T with XBB.1.9.2 and XBB.1.16, and ORF1a:G1819S + ORF1a:T41751 with XBB. 1.9.2 (acquired 486P independently, but differs from XBB.1.9.1 otherwise only by synonymous mutations). Globally on the rise with 15-20% share at the end of June. Historically most common in Indonesia, currently most common in China (in particular sublineage EG.5.1). | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Spike Mutation |
T19I
LPPA24-27S
V83A
G142D
VY143-144V
H146Q
Q183E
V213E
G252V
G339R
G339D
R346T
L368I
S371F
S373P
S375F
T376A
D405N
R408S
K417N
N440K
V445L
V445A
G446S
F456L
N460K
S477N
T478K
E484A
F486L
F486S
F490S
Q498R
N501Y
Y505H
D614G
H655Y
N679K
P681H
N764K
D796Y
Q954H
N969K
D1146
Light blue
cells indicate ACE2 binding sites.
Earthy yellow cells indicate therapeutic monoclonal antibody (mAb) resistance mutations. Dark blue border cells with light blue background indicate both ACE2 binding site and resistance mutations. Red border cells indicate conserved site in human coroviurs with conservation score > 0.5. |
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RBD Mutation Annotation | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
The table lists the mutations in the RBD of XBB.1.9.2 Spike.
DMS represents expression changes as Δlog(MFI), the mean fluorescence intensity of each variant relative to
the unmutated SARS-CoV-2 RBD, with a positive Δlog(MFI) indicating increased expression. And represents
binding affinity as Δlog10(KD,app), with positive values indicating stronger binding.
The DMS data is from Tyler N. Starr et al.
Therapeutic monoclonal antibody (mAb) resistance mutations list can be found at Statistics page.
Conservation scores can be found at Conservation page, and
score above 0.7 is considered as a conserved site.
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In vitro Activity Visualization
The x-axis indicates various therapeutic agents, and the y-axis indicates the -log value of in vitro activity fold change
compared to WT or previous variants. Positive value indicates augmented neutralizing activity,
while negative indicates diminished.
Click to display detailed data for each scatter:
Field | Value | ||||||||
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Drug Name | |||||||||
Drug Class | |||||||||
Viral Sublineage | |||||||||
Viral Type | |||||||||
Viral Protein | |||||||||
Activity Fold Change | |||||||||
-log(activity fold change) | |||||||||
Viral aa Mutation | |||||||||
Reference |